Kobato Hanato est une jeune fille naïve à qui l'on a confié une mission: remplir une petite bouteille avec la matérialisation de la peine des cœurs qu'elle soigne. Cette bouteille, une fois pleine, lui permettra de réaliser un vœu. Elle est aidée dans sa quête par Ioryogi - un chien bleu en peluche doué de la parole, grossier au caractère explosif - l'opposé de Kobato.

Takatoshi Tsuda est sur le point de commencer sa première année dans le lycée Ousai. La raison pour laquelle il a choisi ce lycée est que cette école est à proximité de son domicile. De plus, il ne tient pas compte du fait qu'il soit le premier garçon à entrer dans ce lycée qui était auparavant une école pour fille. 

Dès le premier jour d'école,l'environnement de Takatoshi est bondé de fille. Là où il va, il est entouré de filles (que ce soit dans le train ou en chemin). Une fois arrivé au lycée, trois jeunes filles lui barrent la route et lui assignent soudainement le poste de vice-président du comité des élèves. Bien entendu, il est le seul garçon à être dans le comité. 

C’est le dernier jour des vacances de printemps ! Hikari en profite pour faire un peu de plongée, sa grande passion. Le vent du large, un soleil éblouissant, la mer à perte de vue lui font oublier que le lendemain, c’est la rentrée… C’est le moment que choisit Futaba, qui vient d’emménager sur l’île, pour garer son scooter face à la plage. Ce que les deux jeunes filles ne savent pas encore, c’est qu’elles seront ensemble au lycée le lendemain… et que la plongée va les réunir !

Genshiken est un manga assez inhabituel car il n'y a pas d'intrigue à proprement parler. L'accent est porté sur des sujets n'ayant pas d'importance, ou bien alors bien peu, pour quelqu'un de "normal", c'est-à-dire un "non-otaku", mais foncièrement importants pour les otakus. La série propose l'évolution de deux personnages: Sasahara Kanji, un membre en puissance de Genshiken, n'étant pas encore un otaku à part entière, et Kasukabe Saki, une non-otaku essayant désespérément de faire sortir son copain du club.

Chaque épisode présente généralement une facette des activités de Genshiken. Par exemple, nous trouverons des épisodes où les membres du Genshiken vont au Comic Festival (allusion/inspiré par le Comic Market), à Akihabara, dans la chambre de Kosaka, ou à un cosplay. Les épisodes qui ne présentent pas les activités de Genshiken, concernent pratiquement toujours Kasukabe Saki, essayant de comprendre le monde otaku, pour finalement le rejeter. Genshiken traite tous ces aspects des otakus sur un ton mordant et humoristique, et on ressent toujours un mélange de critique et d'admiration.

Il existe néanmoins un fil conducteur dans toute la série, impliquant Kasukabe Saki, qui n'est pas une otaku mais assiste régulièrement aux activités du club. D'une certaine manière, nous pouvons dire que c'est elle le personnage principal de Genshiken.

Lucky☆Star s'intéresse aux vies de plusieurs jeunes lycéennes japonaises, donnant une touche d'humour à leurs histoires. L'héroïne principale est Konata Izumi, une jeune fille sportive et intelligente qui, malgré ces qualités, ne fait pas partie d'un club sportif et a de mauvaises notes. Sa paresse face au travail à l'école s'explique par son amour pour l'anime et les jeux vidéo au détriment de tout le reste. Le feuilleton commence avec la première année de lycée des quatre personnages principaux : Konata Izumi, Kagami Hiiragi, Tsukasa Hiiragi, et Miyuki Takara. L'intrigue avance, les filles progressant à leurs deuxième et troisième années lycéennes.