Le récit commence en 2001 au Japon dans la ville fictive de Karakura. Ichigo Kurosaki, lycéen de 15 ans, arrive à voir, entendre et toucher les âmes des morts depuis qu'il est tout petit. Un soir, sa routine quotidienne vient à être bouleversée suite à sa rencontre avec une shinigami (死神, littéralement « dieu de la mort »), Rukia Kuchiki, et la venue d'un monstre appeléhollow. Ce dernier étant venu dévorer les âmes de sa famille et la shinigami venue le protéger ayant été blessée par sa faute, Ichigo accepte de devenir lui-même un shinigami afin de les sauver.

Cependant, le transfert de pouvoir, censé être temporaire et partiel, est complet et ne s'achève pas. Ichigo est forcé de prendre la responsabilité de la tâche incombant à Rukia Kuchiki. Il commence donc la chasse aux mauvais esprits tout en protégeant les âmes humaines.

Au début centré sur une simple chasse aux mauvais esprits relativement peu puissant avec un simple sabre (quoique plus proche du zanbantô par ses dimensions que du katana), l'histoire va peu à peu se diriger vers un vaste complot mystico-politique après l'apparition des premiers autres shinigami. Les batailles au sabre du commencement vont alors se métamorphoser en combats dantesques avec des armes aux pouvoirs surprenants et variés, et parfois aux proportions gigantesques.

Soul Eater raconte l'histoire de 3 chasseur d'âmes au caractères bien trempés: Maka la fille modèle, Black star l'égocentrique sur motivé et Kidd le perfectionniste.Ils évoluent dans une sorte d'école appelé Shibusen qui les forment a la chasse au démons, les Meisters. Pour accomplir cette taches nos trois étudiants sont aidés de leur Soul Eater. Des armes particulières, qui, quand ne servent pas a combattre ont une apparence humaine.L'objectif des ses shinigami accompagnée de leur SoulEater est de dévorer 99 âmes de démons, plus 1 âme de sorcière afin que ces derrières ce transforme en véritable "DeathScythe" (Faux de la Mort)...

Mais cela ne sera pas choses facile...

Lucy, une diclonius (mutante aux pouvoirs très dangereux, créée par les humains), est gardée dans un laboratoire de haute sécurité dans lequel des études sont réalisées sur ces êtres surhumains. Suite à un accident, elle parvient à s'échapper en tuant sauvagement toute personne entravant son chemin. Une fois à l'extérieur du bâtiment, un garde sniper réussit à la toucher en pleine tête et la fait tomber dans la mer.

Le lendemain, Kouta un jeune garçon qui revient dans sa ville natale, Kamakura, donne un rendez-vous à sa cousine Yuka qu'il n'avait plus vu depuis son enfance. Ils décident alors d'aller à la plage, où ils jouaient quand ils étaient enfants avec la petite soeur de Kouta, Kanae, morte suite à une grave maladie. Là-bas, ils rencontrent une jeune fille mystérieuse qui a apparemment perdu la mémoire. Sans savoir où elle habite, Kouta et Yuka l'emmènent chez eux et lui donnent un prénom, Nyuu (le seul mot que celle-ci arrive à prononcer).

Mais suite à l'évasion qui s'est produite au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial (S.A.T.) a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive, Lucy qui se révèle en réalité être la mystérieuse Nyuu...

Attention aux âmes sensibles (en même temps c'est un seinen hein x))

Tous les soirs, à minuit sonnant, il est possible d'accéder à un site Internet appelé « Le Courrier des Enfers » (地獄通信, Jigoku Tsūshin). Quiconque désire se venger de quelqu'un peut écrire le nom de son ennemi(e) sur ce site et l'envoyer.

La Fille des Enfers viendra alors emmener cette personne dans son domaine. Des rumeurs à propos de ce site se propagent parmi les lycéens, comme une légende urbaine. Mais ce que personne ne sait, c'est que la Fille des Enfers demande un prix pour son intervention...

Ryuji Takasu est un lycéen normal qui vit seul avec sa mère, il vient de rentrer en seconde année de lycée. Il aimerait être un simple lycéen ordinaire, mais il est doté d’un défaut : ses yeux intimidants. À cause de son air patibulaire, des rumeurs stupides n’arrêtent pas de circuler sur lui, notamment le fait qu’il frapperait quiconque oserait le bousculer et qu’il serait prêt à tuer, alors que c'est un jeune homme sensible tout ce qu’il y a de plus recommandable... À cause de ça, il rencontre des difficultés énormes à se faire des amis, et le plus lourd à supporter étant bien entendu l’absence de relation amoureuse. Par chance, il se trouve dans la même classe que son meilleur ami Yūsaku Kitamura, et son coup de cœur la jolie Minori Kushieda… Joie de courte durée puisqu’il va littéralement tomber sur la tsundere locale, Taiga Aisaka (surnommée le tigre de poche à cause de sa taille). C’est alors le début d’une relation sulfureuse entre ces deux-là, entre cette tsundere qui profitera de lui et en fera son homme de ménage et accessoirement un punching-ball, et lui qui attend en retour son aide pour approcher l’objet de son affection…