Sakuya Shiina élève en terminale, vit dans une petite ville de campagne, au bord de la mer, avec Kanade, son cousin. Elle fait partie du club Hokan, dont elle est la créatrice et la présidente, dont le but est de se réunir afin de regarder le ciel étoilé. Elle aime regarder les étoiles quand elle se sent triste. Mais le jour de son dix-huitième anniversaire, un étrange inconnu s'invite à la soirée organisée par Kanade, il dit se prénommer Chihiro. Il disparaît aussi vite qu'il est apparu... Qui est donc cet étrange jeune homme ?

Kobato Hanato est une jeune fille naïve à qui l'on a confié une mission: remplir une petite bouteille avec la matérialisation de la peine des cœurs qu'elle soigne. Cette bouteille, une fois pleine, lui permettra de réaliser un vœu. Elle est aidée dans sa quête par Ioryogi - un chien bleu en peluche doué de la parole, grossier au caractère explosif - l'opposé de Kobato.

Takatoshi Tsuda est sur le point de commencer sa première année dans le lycée Ousai. La raison pour laquelle il a choisi ce lycée est que cette école est à proximité de son domicile. De plus, il ne tient pas compte du fait qu'il soit le premier garçon à entrer dans ce lycée qui était auparavant une école pour fille. 

Dès le premier jour d'école,l'environnement de Takatoshi est bondé de fille. Là où il va, il est entouré de filles (que ce soit dans le train ou en chemin). Une fois arrivé au lycée, trois jeunes filles lui barrent la route et lui assignent soudainement le poste de vice-président du comité des élèves. Bien entendu, il est le seul garçon à être dans le comité.